Das Institut für Management Accounting wurde 2008 eingerichtet und wird seitdem von Frau Univ.-Prof.ⁱⁿ Dr.ⁱⁿ Dorothea Greiling geleitet. Die Forschungsfelder des der Sozial- und Wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät zugehörigen Institutes liegen im Einklang mit dem Entwicklungsplan der Johannes Kepler Universität auf dem Gebiet des Management Accountings. Forschungsschwerpunkte setzt das Institut für Management Accounting dabei insbesondere in den Bereichen Behavioral Management Accounting, Hochschulcontrolling, Netzwerk Controlling, Performance Management, Public Value, Stakeholder Accountability sowie dem Sustainability Accounting. Als institutionelles Feld kommt dem öffentlichen Sektor und dem Non-Profit Sektor besondere Bedeutung zu.

Das Lehrangebot des Institutes, welches primär Lehrinhalte aus dem Themenkreis des Management Accountings abdeckt, umfasst Lehrveranstaltungen für Bachelor-, Master- und Diplomstudien sowie im Doktorratsstudium. Im Zuge der Umstellung auf das Bachelor-Master-System wurde ein eigenständiges Schwerpunktfach „Management Accounting“ etabliert. Zudem bietet das Institut Lehrveranstaltungen im Rahmen des Universitätslehrganges Health Care Management an, bei welchem Frau Univ.-Prof.ⁱⁿ Dr.ⁱⁿDorothea Greiling als wissenschaftliche Leiterin fungiert.