Unter der Leitung Manfred Rotters wurde bereits 1990 ein Forschungsinstitut für Europarecht eingerichtet. 1998 wurde dieses in ein reguläres Institut der Rechtswissenschaftlichen Fakultät umgewandelt. Manfred Rotter war viele Jahre Vorstand des Instituts für Völkerrecht und internationale Beziehungen. Im Jahr 2004 emeritierte er.

Neben dem Recht der Europäischen Union galt sein großes wissenschaftliches Interesse dem Völkerrecht und der Sicherheitspolitik. In diesen Bereichen war Rotter auch Analyst und Kommentator und damit auch den öffentlichen Diskurs mitprägend.

„Die Johannes Kepler Universität Linz verneigt sich vor einem großen Denker und Kenner der Rechtsmaterie. Wir werden Manfred Rotters Wirken stets in hervorragender Erinnerung behalten. Unsere Anteilnahme gilt seiner Familie“, so Rektor Meinhard Lukas.