Der Klinische Bereich der Medizinischen Fakultät umfasst jene Einrichtungen und Bereiche, die neben Forschungs- und Lehraufgaben auch die Funktion einer Krankenabteilung im Kepler Universitätsklinikum übernehmen. Mitarbeiter*innen von Universitätskliniken und Klinischen Instituten haben neben ihrer Tätigkeit im Klinikbetrieb auch einen Lehr- und Forschungsauftrag an der Medizinischen Fakultät. Dadurch ist ihr Wissen über die aktuellsten Möglichkeiten der Patient*innenbehandlung und über die innovativsten wissenschaftlichen Entwicklungen stets auf dem neuesten Stand. Universitätskliniken und Klinische Institute sind eine wichtige Ausbildungsstätte für Medizinstudierende. Nach dem Prinzip des „Bedside Teaching“ werden angehenden Mediziner*innen in den Klinikalltag integriert und erhalten eine praxisnahe und problemorientierte Ausbildung. Die Leiter*in eines klinischen Lehrstuhls (Professor*innen) ist gleichzeitig auch der Vorstand der*des jeweiligen klinischen Abteilung am Kepler Universitätsklinikum.

Die nichtklinischen bzw. präklinischen Lehr- und Forschungsbereiche sind in den Instituten der Medizinischen Fakultät angesiedelt. Hier besteht eine enge Kooperation mit der Medizinischen Universität Graz.