Der 1952 geborene Linzer Informatiker studierte und promovierte an der JKU. 1983 folgte die Habilitation; seit 1987 war Wagner als Universitätsprofessor für Informationssysteme tätig. Er errichtete das Institut für Anwendungsorientierte Wissensverarbeitung und gründete 2005 mit dem FAW GmbH im Softwarepark Hagenberg ein Spin-off dieses Instituts.

Auf Wagner geht auch die intensive Kooperation mit der Technischen Universität Prag zurück sowie das Projekt "Informatik hilft Behinderten", aus dem später das Institut Integriert Studieren hervorgegangen ist.

Wagner war 1998–2000 Vizestudiendekan und von 2000 bis 2002 Studiendekan an der Johannes Kepler Universität Linz, sowie zuvor über lange Jahre der Vorsitzende der Studienkommission Informatik.

Für seine Leistungen und über 200 Publikationen wurde er vielfach ausgezeichnet, unter anderem mit der Humanitätsmedaille des Landes Oberösterreich (2003) und dem Silbernen Ehrenzeichen des Landes Oberösterreich (2011).

Mit Prof. Wagner verliert die JKU einen bedeutenden Informatiker und vor allem einen Menschen, dessen Einsatz für andere unvergessen bleibt.